Restauración Absolutista

El virrey Abascal confirmó a Mariano Osorio como gobernador de Chile; sin embargo, en 1815 una pendencia entre Osorio y Abascal llevaría a la remoción del primero, siendo nombrado como gobernador Casimiró Marcó del Pont. Sin embargo, los españoles se creyeron en la necesidad de imponer un buen escarmiento a los patriotas, por lo que comenzó una feroz persecución policial a cargo de los talaveras, comandados por el fiero San Bruno. Los patriotas encontrados en Santiago fueron simplemente exiliados al archipiélago Juan Fernández, entre ellos varios miembros de la Junta de 1810. Lejos de tranquilizarse, los patriotas se exacerbaron, e incluso hasta los más moderados decidieron que era suficiente, y que no quedaba otro camino que la independencia. Un buen grupo de patriotas (entre ellos Carrera y O'Higgins) decidieron exiliarse en Mendoza, en donde era gobernador don José de San Martín. Este favoreció inmediatamente a O'Higgins (muy probablemente por las conexiones de ambos con la Logia Lautaro, que trabajó a nivel hispanoamericano para obtener la independencia). El sino de Carrera iría cada vez peor, hasta que terminaría por ser fusilado en 1821.
Mientras San Martín y O'Higgins organizaban un ejército para cruzar los Andes y liberar Santiago, encargaron al abogado Manuel Rodríguez Erdoiza iniciar una serie de actividades guerrilleras que inquietaran a los españoles, pusieran en ridículo a San Bruno, y levantaran la moral patriota. De esta manera, Rodríguez se transformó en una suerte de héroe romántico de la independencia. Una de sus más celebradas hazañas fue disfrazarse de mendigo y obtener una moneda en caridad de parte del propio gobernador Marcó del Pont, quien había puesto precio a la cabeza de Rodríguez.
El Ejército Libertador estuvo preparado en 1817. Cruzando la cordillera por varios lugares distintos, éste se dejó caer sobre la llanura de Chacabuco, al norte de Santiago. En ella midieron sus fuerzas el patriota argentino San Martín, y el realista Rafael Maroto, quien sufrió una decisiva derrota (12 de febrero de 1817). La batalla permitió a los patriotas instalarse en Santiago. San Martín fue proclamado Director Supremo, pero éste declinó, y ubicó en su lugar a Bernardo O'Higgins, quien sería Director Supremo hasta 1823. En el primer aniversario de la batalla de Chacabuco, Bernardo O'Higgins proclamó la independencia propiamente tal (12 de febrero de 1818).

Patria Nueva

El nuevo virrey del Perú, Joaquín de la Pezuela (1816-1821), resolvió recurrir a Mariano Osorio, enviándole con otra fuerza expedicionaria. Este desembarcó en Concepción, y reclutó ingentes cantidades de tropas. Mientras tanto, Bernardo O'Higgins se replegaba más al norte intentando frenar de alguna manera el avance de los realistas, siendo sorprendido y ampliamente derrotado en Cancha Rayada. En la confusión, corrió el rumor de que O'Higgins había muerto, y el pánico cundió entre los patriotas, muchos de los cuales se aprestaron incluso a volver a cruzar la Cordillera hacia Mendoza. En tales críticas circunstancias, Manuel Rodríguez arengó a la gente gritándoles: "¡Aún hay patria, ciudadanos!", y se nombró Director Supremo; duraría en el cargo exactamente 30 horas, que es el tiempo que O'Higgins empleó en regresar a Santiago y volver a hacerse del mando.

Lisiado después de Cancha Rayada, O'Higgins delegó el mando de las tropas patriotas en San Martín. Este las reunió en los llanos de Maipú, en las afueras de Santiago. En la batalla de Maipú, librada el 5 de abril de 1818, San Martín infligió una dura derrota a Osorio, quien optó por regresar a Concepción; los realistas ya no intentarían otra incursión a Santiago, con lo que la independencia quedaba asegurada. Después de la refriega, acudió O'Higgins a saludar a San Martín, como salvador de la patria, en lo que se conocería como el abrazo de Maipú.
En lo que respecta a asegurar la independencia, San Martín emprendió una serie de guerras contra las montoneras, grupos de bandoleros, realistas e indios que habían aprovechado el caos de las expediciones militares y los reclutamientos forzosos para dedicarse al pillaje y al saqueo. Esto se conoció como la guerra a muerte, porque ni las montoneras ni los soldados regulares tomaban prisioneros; una vez liquidada la banda de Vicente Benavides, el año 1822, quedó asegurada la pacificación de la región de Concepción.
Por otra parte, O'Higgins propició el desarrollo de la Primera escuadra nacional, para impedir nuevas expediciones españolas desde el Perú. Sería precisamente esta escuadra la que llevaría a la Expedición Libertadora del Perú. Para llenar la plaza de almirante, llamó al escocés Lord Thomas Cochrane. Este asestó un golpe decisivo a los realistas cuando, en 1820, se apoderó del Sistema de fuertes de Valdivia en la famosa Toma de Valdivia.
De todas maneras, San Martín y O'Higgins estaban de acuerdo en que no cesaría el peligro hasta que el propio Virreinato del Perú fuera independiente de España. De esta manera prepararon la Expedición Libertadora del Perú, con naves y soldados. San Martín y Cochrane fueron enviados al Perú en 1820. Sin embargo, el carácter confiado y audaz de Cochrane chocó con el exceso de prudencia de San Martín. Este dejó escapar varias oportunidades de asestarle el golpe definitivo al virrey, por lo que finalmente se entrevistó con Simón Bolívar (quien descendía desde Colombia), y se retiró del Perú; la independencia peruana quedaría completa después de la batalla de Ayacucho, el 9 de diciembre de 1824, librada por Sucre, un lugarteniente de Bolívar.
En la historiografía nacional se hace terminar la Patria Nueva en 1823, con la renuncia de O'Higgins. Sin embargo, el último territorio español en Chile, la isla de Chiloé, sería conquistada recién en 1826, durante el gobierno de Ramón Freire, sucesor de O'Higgins.